CRISPR-SCREEN篩選詳細流程

 

  

CRISPR-Cas9文庫應用方向

1. 藥物靶點確定與驗證

CRISPR-Cas9文庫篩選技術可以應用于藥物靶點篩選中，通過大規模篩選技術，系統的分析、驗證一些與抗藥性相關的基因，從而為疾病治療提供相關的理論基礎。

2. 基因環路上下游調控機制分析

CRISPR-Cas9文庫篩選技術不僅可以用于編輯人類細胞蛋白編碼基因，對于基因組中的調控元件也同樣有效，利用這種方法可以對基因環路上下游調控機制進行分析。

3. 代謝通路調節機制分析

CRISPR-Cas9文庫技術可以應用于動植物的代謝通路條件機制分析。

4. 病毒侵染宿主細胞的受體蛋白篩選：

通過CRISPR-Cas9文庫技術可以快速的對病毒侵染宿主細胞的受體蛋白進行篩選和鑒定，科學家就曾通過CRISPR-Cas9全基因組文庫篩選技術，成功發現并證實LDLRAD3蛋白是委內瑞拉馬腦炎病毒（VEEV）進入動物和人類細胞的受體，以及篩選出冠狀病毒侵入宿主細胞的受體蛋白以及與新冠病毒相關正相關和負相關的重要基因。

安升達產品介紹

覆蓋度：NGS測序分析sgRNA數量與預期sgRNA數量的比值，越接近100%，說明文庫質量越好。

均一性：均一性根據各樣本 sgRNA 數目，統計其分布斜率，并進行可視化展示，如上圖所示。累積分布達到90%時對應的 sgRNA 數目與累積分布達到10%時對應的 sgRNA 數目的比值即為文庫的均一性，一般認為，均一性 < 10，則文庫均一性合格，越接近1文庫均一性越好。

注：均一性對實驗的影響：均一性越低，不同sgRNA之間越平均，出現低頻sgRNA數目越少，在后續實驗過程中由于sgRNA文庫質量而丟失的可能性越低，最終分析結果則越接近真實情況。

安升達定制化CRISPR-Cas9文庫服務介紹及優勢介紹

sgRNA文庫構建及質檢的優勢：

 · 可提供Broad研究所專利授權的CRISPR-Cas9文庫載體（LentiCRISPR v2和LentiGuide-Puro），也可以克隆至客戶指定的載體中。

 · 具有豐富的文庫構建技術經驗和成熟的NGS測序平臺，確保文庫質量。

 · 交付的產品為高達500 μg或更高規格的無內毒素質粒，可直接用于病毒包裝或下游應用。

 · Oligo pool的長度最長可達300 nt；滿足更多的客戶需求。

 · 可以提供1.0E+09TU~1.0E+10TU規格的慢病毒包裝服務，滿足客戶對大量病毒的需求。

案例分析

 

案例說明：我們統計了三個不同sgRNA庫容量大小的的質量標準分析，分別代表了亞文庫，全基因組文庫和超大文庫三種不同應用場景的文庫；通過NGS測序分析，結果表明：安升達構建的文庫質量，覆蓋度和均一性都具有較高的標準。

 

CRISPR-Cas9文庫應用技巧分享

為了讓更多的研究者了解和應用CRISPR-Cas9文庫技術，并利用這項技術進行更多的研究，安升達對CRISPR-Cas9文庫技術的應用中可能遇到的問題，根據本公司多年的項目經驗，進行了深度解析，幫助有興趣的客戶了解這項技術。

鏈接：https://mp.weixin.qq.com/s/VRrrVLlVJDKYsdaJyN75pQ

 

參考文獻：
[1] Konermann, Silvana, et al. "Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex." Nature 517.7536 (2015): 583-588.
[2] Wei, Jin, et al. "Genome-wide CRISPR screens reveal host factors critical for SARS-CoV-2 infection." Cell (2020).
[3]Feng Zhang et al. Genome-Scale CRISPR-Cas9 Knockout Screening in Human Cells. Science  (2014)
[4] Hartenian E, Doench J G. Genetic screens and functional genomics using CRISPR/Cas9 technology[J]. Febs Journal, 2015, 282(8):1383-1393.
[5] Shalem, O., et al., Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science, 2014. 343(6166): p. 84-7
[6] Korkmaz, G., et al., Functional genetic screens for enhancer elements in the human genome using CRISPR-Cas9. Nat Biotechnol, 2016. 34(2): p. 192-8.
[7] Li, R., et al., Multiplexed CRISPR/Cas9-mediated metabolic engineering of gamma-aminobutyric acid levels in Solanum lycopersicum. Plant Biotechnol J, 2017
[8] Zhu, S., et al., Genome-scale deletion screening of human long non-coding RNAs using a paired-guide RNA CRISPR-Cas9 library. Nat Biotechnol, 2016.34(12): p. 1279-1286.
[9] Ma, Hongming, et al. "LDLRAD3 is a receptor for Venezuelan equine encephalitis virus." Nature (2020): 1-7.