標準轉錄組測序

標準轉錄組測序包括真核轉錄組（mRNA）測序和原核轉錄組（mRNA）測序，可全面快速地獲得某一物種特定細胞或組織在某一狀態下的幾乎所有的轉錄本及基因序列，可用于研究基因結構和基因功能、可變剪接和新轉錄本預測等。

長鏈非編碼RNA（lncRNA）測序

長鏈非編碼RNA（lncRNA）測序能區分轉錄本來自正義鏈還是反義鏈，提供有關特定鏈的基因表達信息。該項測序技術幫助分析等位基因的特定表達，對于基因功能分析有十分重要的意義。

小RNA測序

小RNA測序能夠分析通常在轉錄和轉錄后階段調控基因的小RNA和microRNAs?，F已證明小RNAs可調控多種生物學過程，其中包括發育、細胞分化和細胞凋亡。

單細胞轉錄組測序

單細胞轉錄組測序能夠對低起始量的總RNA樣本（如10pg）及溶解液中的單細胞進行基因表達定量、功能富集等分析。當前流行的研究主要涉及對熒光激活細胞分選（FACS）或其他分離方法得到的細胞進行分析。