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      基因組De novo測序

      全基因組de novo測序(de novo sequencing)也稱為從頭測序,不需要任何基因序列信息即可對某個物種進行測序,用生物信息學的分析方法對序列進行拼接、組裝,從而獲得該物種的基因組序列圖譜。

      安升達基于三代測序PacBio技術手段,對動植物基因組進行組裝和基本分析,同時結合BioNano光學圖譜,提升組裝版本,獲得高質量基因組序列,為該物種的基因組學研究奠定基礎。


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        安升達基因組de novo測序服務參數

        標準服務  升級服務 
        技術參數  PacBio(50X)+BioNano(100X) PacBio(70X)+BioNano(100X)
         分析軟件  SMRT Link / Falcon / Canu  SuperGenome
         組裝指標  Contig N50>200K,Scaffold N50>1M  Contig N50>5M,Scaffold N50>10M
                 

        安升達基因組de novo測序服務優勢

        根據不同的項目需求設計不同的實驗方案
        利用SuperGenome升級組裝,使Contig N50長度提升5~10倍
        針對不同物種選取合適的分析軟件及流程

        SuperGenome分析結果展示

        將已發表的玉米、水稻及人的數據,利用SuperGenome重新組裝,在保證拼接完整性、不丟失基因組序列的前提下,Contig數目減少,Contig N50長度提升5~10倍。

         

        SuperGenome分析結果展示

        將已發表的玉米、水稻及人的數據,利用SuperGenome重新組裝,在保證拼接完整性、不丟失基因組序列的前提下,Contig數目減少,Contig N50長度提升5~10倍。

           Rice Nagia22 Maize B73  Human HX1 
           Published  SuperGenome  Published  SuperGenome  Published  SuperGenome
         N  912  56  2,790  706  5,915  1,454
         N:n50  112  10  506  54  103  25
         N:n90  450  27  1,613  190  536  122
         Min  3.336  82031  1,945  28,410  2  2,502
         N95  123,289  4,293,542  250,684  1,278,145  149,819  896,491
         N90  197,151  5,278,830  388,549  2,379,755  576,618  2,475,108
         N50  946,210  14,270,486  1,279,870  7,693,311  8,200,456  32,645,641
         Max  3,538,062  31,640,606  7,264,800  44,889,389  38,177,111  108,215,793
         Sum  362 Mb  385 Mb  2.1Gb  2.1Gb  2.89Gb  2.89Gb
               

        生物信息學分析

          基因組surcey 基因組組裝 基因組注釋

          基因組特征評估

          • 基因組大小預估
          • 雜合度預估
          • 重復序列預估
          • 基因組預組裝
           組裝結果評估

          重復序列注釋

          基因結構注釋

          基因功能注釋

          非編碼RNA注釋

                 

          高通量測序平臺

          安升達的高通量測序平臺包括Illumina  NovaSeq,HiSeq X Ten,HiSeq,MiSeq,PacBio Sequel、10X Genomics及MGISEQ-2000。
          可提供多種測序讀長、通量和時間周期選擇,滿足各類科研及應用需求對成本和速度的差異化需求。
          如需了解不同NGS平臺的更多相關信息以及推薦平臺的規格說明,請訪問高通量測序平臺頁面。

          高通量測序_三個圖標

           

           

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