腺相關病毒(AAV)是一種單鏈DNA病毒，在基因治療中通常作為載體將外源基因轉入患者中。AAV基因組的每條單鏈DNA包括兩端的反向末端重復序列(ITR)和中間的2個開放性閱讀框。ITR在病毒的復制和包裝過程中起著關鍵作用，并且參與了病毒基因組在宿主基因組上的整合和逃逸過程。該序列中CG含量達80%以上，其前125bp(1～125)序列依次可分為A、B、B’、C’、C、A’等不同的區段(圖1)，其中B與B’、C與C’反向互補，可形成T型發夾結構，作為AAV的DNA自我復制的起點，隨后的20bp形成特有的D序列。

GENEWIZ開發了一種新型的ITR測序方法，可以改善ITR區域的測序信號并延長讀取長度。